Ocena zagrożeń i stanu środowiska przyrodniczego Parku opracowywana jest na podstawie wyników badań naukowych, monitoringowych, opinii i ekspertyz.

Aktualna identyfikacja zagrożeń wewnętrznych i zewnętrznych obejmuje:

• zanieczyszczenia wód, powietrza,
• osłabienie i degradację zbiorowisk leśnych i nieleśnych powodowaną przez czynniki biotyczne, abiotyczne i antropogeniczne,
• zagrożenia powodowane arteriami komunikacyjnymi przecinającymi teren Parku (ruch drogowy, kolejowy)
• zmiany stosunków wodnych,
• elektryczne linie przesyłowe,
• naturalne niszczenie dawnej kultury,
• niekorzystny przebieg granic zewnętrznych.